Các câu lạc bộ JFL có thể là đội bóng của các công ty, hoặc là một câu lạc bộ độc lập hoàn toàn cũng có thể là một đội dự bị.

Thăng hạng từ JFL

Trong mùa 2012 và 2013. Một câu lạc bộ thỏa mãn những yêu cầu sau thì được thăng hạng J. League Hạng 2.

• Là Thành viên Liên kết J. League
• Kết thúc ở vị trí top 2 JFL
  • Nếu chỉ đội vô địch là thành viên liên kết, sẽ tự động lên hạng.
  • Nếu cả nhà vô địch và á quân đều là thành viên liên kết, đội vô địch sẽ lên hạng trực tiếp, đội á quân sẽ thi đấu Trận tranh Lên/Xuống hạng với đội thứ 2 từ dưới lên của J2.
  • Nếu chỉ đội á quân là thành viên liên kết, họ sẽ thi đấu Trận tranh Lên/Xuống hạng với đội xếp cuối của J2.
• Kiểm duyệt được thông qua bởi Ủy ban J. League

Khi thành lập J. league hạng 3 năm 2014. Các yêu cầu với 2 đội dẫn đầu không cần thiết phải là một đội được chấp thuận bởi Ủy ban J. League và là một Thành viên Liên kết J. League. Tuy nhiên, họ sẽ bắt đầu ở J3. JFL sẽ trở thành hạng đấu cao nhất dành cho hạng nghiệp dư tại Nhật Bản một lần nữa, và mục đích vẫn là cung cấp suất tham dự J.League bắt đầu từ J3.

Xuống hạng từ JFL

Hai đội xếp cuối có thể đối mặt với việc xuống hạng trực tiếp hoặc trận tranh lên/xuống hạng với đội xếp đầu của Vòng chung kết Giải bóng đá khu vực toàn Nhật Bản. Số lượng các đội bóng, những đội cần để thi đấu trong trận play-off khác nhau tùy thuộc vào số lượng các đội bóng được thăng hạng J3 hoặc rút khỏi JFL.

Suất tham dự Cúp Hoàng đế

Cho đến năm 2008, chỉ có đội đứng đầu sau nửa mùa giải (17 trận) là được giành quyền tham dự Cúp Hoàng đế, tham gia từ vòng ba cùng với các đội J2, rồi sau đó được nới rộng lên ba câu lạc bộ đứng đầu trong năm 2010 do sự mở rộng của J2. Các câu lạc bộ khác phải hội đủ điều kiện thông qua vòng loại tại tỉnh của mình và sau đó là đá ở vòng đầu tiên.